Nowoczesne metody badań przedklinicznych
Książka Nowoczesne metody badań przedklinicznych jest interesującą propozycją wykorzystania danych pochodzących z najnowocześniejszych technik farmakologii przedklinicznej w odkrywaniu nowych kandydatów na leki oraz w precyzyjnej spersonalizowanej diagnostyce chorób.
Stanowi kompilację nowoczesnego podręcznika i przewodnika dedykowanego studentom kierunków medycznych, lekarzom, diagnostom laboratoryjnym oraz naukowcom, pragnącym poszerzyć swoją wiedzę z zakresu bioinformatyki i metod wysokoprzepustowych w dziedzinie Drug Discovery and Development (R & D).
Zawarte są w niej schematy analizy danych z metod wysokoprzepustowych badania ekspresji genów, takich jak sekwencjonowanie RNA-sequence, sekwencjonowanie próbek z immunoprecypitacji chromatyny z przeciwciałem skierowanym przeciwko danemu czynnikowi transkrypcyjnemu regulującemu ekspresję genów (ChIP-sequence) oraz sekwencjonowanie całych eksomów (Whole Exome Sequencing, WES) w poszukiwaniu wariantów mutacji genów, które są protoonkogenami wywołującymi raka.
Dane te są danymi wejściowymi do dalszych analiz szlaków ekspresji genów aktywowanych lub hamowanych przez dany lek, co ma istotne znaczenie terapeutyczne. Przewidywanie tego typu oddziaływań jest kluczowe w selekcji kandydatów na wyroby medyczne w oparciu o algorytmy sztucznej inteligencji. Ma również duże znaczenie w nowoczesnej diagnostyce nowotworowej, w której wykrywanie znanych oraz nowych wariantów mutacji w pierwotnym guzie nowotworowym lub przerzucie pozwala na przewidywanie rokowania pacjenta oraz umożliwia wdrożenie odpowiedniej terapii spersonalizowanej opartej na skutecznych lekach dedykowanych danemu pacjentowi".
Dr n. med. Anna Mucha-Małecka, Narodowy Instytut Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie, Oddział w Krakowie (fragment recenzji wydawniczej)
Rozdział 1
Bioinformatyka i sekwencjonowanie w badaniach przedklinicznych 9
1.1. Wykorzystanie oprogramowania GALAXY i R Studio oraz superkomputerów w analizie danych z sekwencjonowania 9
1.2. Metody zliczania poziomu ekspresji 12
1.3. Metody normalizacji danych z RNA-seq 12
1.4. Metody testowania różnicowej ekspresji (Differential expression, DE) dla danych RNA-seq 13
1.5. Analiza danych z RNA-sequence w R 13
1.6. TopHat i Cuffl inks 17
1.7. Analiza ekspresji różnicowej z wykorzystaniem DESeq2 19
1.8. Normalizacja w DESeq2 21
1.9. Platforma BasePairtech jako przykład automatyzacji procesu analizy danych pochodzących z technik wysokoprzepustowych 37
1.10. Dostępność różnych platform do sekwencjonowania, ustalenie parametrów stosowania tej metody ewaluacji ekspresji genów 44
1.11. Propozycja szczegółowego schematu analizy danych RNA-seq na platformie GALAXY 46
1.12. Przykładowy schemat analizy danych ChIP-sequence na platformie GALAXY 51
Rozdział 2
Nowa metoda diagnostyki nowotworów przy użyciu technologii sekwencjonowania całego eksomu (WES) 55
2.1. Studium przypadku przerzutu raka gruczołowego płuca do wątroby 55
2.2. Podsumowanie wyników WES 58
Rozdział 3
Wykorzystanie danych z mikromacierzy i RNA-seq w przewidywaniu efektu terapeutycznego działania leku 77
Rozdział 4
Oprogramowanie Amber do przewidywania oraz analizy oddziaływań ligand-receptor w poszukiwaniu nowych substancji terapeutycznych 91
4.1. Przepływ informacji w Amber 93
4.2. Programy symulacyjne 95
4.3. Programy analityczne pakietu Amber 96
Rozdział 5
Przegląd aktualnego globalnego statusu przypadków raka według danych WHO 99
Rozdział 6
Nanomedycyna przeciwnowotworowa i nowatorskie terapie leczenia raka 105
Rozdział 7
Modyfikacje popularnych leków przeciwnowotworowych z wykorzystaniem nanotechnologii 109
Rozdział 8
Nowe kierunki rozwoju leków przeciwnowotworowych w USA 111
Bibliografia 117
Spis tabel 123
Spis rycin 125
Badania laboratoryjne stanowią fundament nowoczesnej diagnostyki medycznej i naukowej,...
czytaj więcejWitaminy rozpuszczalne w tłuszczach stanowią prymarną grupę substancji odżywczych,...
czytaj więcejKolagen jest często nazywany „klejem”, który trzyma nasze ciało razem,...
czytaj więcej
